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Algorithmique de la bio-informatique

Code UE : BNF103

  • Cours
  • 6 crédits
  • Volume horaire de référence
    (+ ou - 10%) : 50 heures

Responsable(s)

Jean-Francois ZAGURY

Jean-Louis SPADONI

École de la Santé École du numérique et de l'IA

Public, conditions d’accès et prérequis

Prérequis : Les auditeurs devront de préférence avoir assisté au cours BNF102 (langage Scheme et Python) ou sinon justifier d'un niveau suffisant en programmation 
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2)
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent.

L'avis des auditeurs

Les dernières réponses à l'enquête d'appréciation pour cet enseignement :

Présence et réussite aux examens

Pour l'année universitaire 2023-2024 :

  • Nombre d'inscrits : 17
  • Taux de présence à l'évaluation : 59%
  • Taux de réussite parmi les présents : 80%

Objectifs pédagogiques

Initier aux algorithmes utilisés pour les principaux programmes de bio-informatique.

Compétences visées

Cette formation doit permettre aux auditeurs non initiés:
  •  de comprendre le fonctionnement des principaux algorithmes utilisés en bio-informatique.
  •  d’utiliser ces algorithmes de façon pertinente en fonction des besoins et des contextes.

Mots-clés

Contenu

  • Principes fondamentaux de l’algorithmique et notions d’optimisation et d’accélération algorithmique
  • Algorithme de recherche de valeurs ou de texte
  • Algorithmes de tris
  • Algorithmes d’alignement deux à deux, d’alignement multiple et de recherche de motifs.
  • Algorithmes de recherche de similarités dans les banques: BLAST et FASTA
  • Recherche de gènes: méthodes heuristiques
 

 

Modalité d'évaluation

Examen final

Bibliographie

  • AD Baxevanis et al. Wiley Interscience New York (USA) : Bioinformatics
  • L. Bloch Ed Technip : Initiation à la programmation et aux algorithmes (Scheme)
  • T. Cormen, C. Leiserson, R. Rivest et T. Stein Ed Dunod : Introduction à l'algorithmique
  • L. Bloch Ed Technip : Initiation à la Programmation et aux algorithmes Python

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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Contact

Bioinformatique
17.0.16, 292 rue St Martin
75003 Paris
Isabelle Corbeau
Voir le site

Voir le calendrier, le tarif, les conditions d'accessibilité et les modalités d'inscription dans le(s) centre(s) d'enseignement qui propose(nt) cette formation.

UE

    • Paris
      • Centre Cnam Paris
        • 2026-2027 2nd semestre : Formation en présentiel soir ou samedi
        • 2027-2028 2nd semestre : Formation en présentiel soir ou samedi
        Comment est organisée cette formation ?
        2026-2027 2nd semestre : Formation en présentiel soir ou samedi

        Dates importantes

        • Période des séances du 01/02/2027 au 05/06/2027
        • Période d'inscription : du 01/06/2026 à 10:00 au 05/03/2027 à 17:30
        • Période de 1ère session d'examen : 06/2027
        • Période de 2ème session d'examen : 09/2027

        Précision sur la modalité pédagogique

        • Une formation en présentiel est dispensée dans un lieu identifié (salle, amphi ...) selon un planning défini (date et horaire).